Powstanie Instytutu związane było z potrzebą szerokiego rozwinięcia studiów i badań dla gospodarki wodnej, budownictwa hydrotechnicznego i inżynierii morskiej oraz związanych z tym takich dyscyplin jak mechanika płynów, mechanika gruntów i skał oraz teoria budowli inżynierskich. Na szczególne podkreślenie zasługuje rozwój badań w dziedzinie szeroko pojętej hydrauliki morskiej i śródlądowej oraz mechaniki gruntów i fundamentowania. Szybki rozwój obu tych kierunków wynikał z posiadania dobrego zaplecza laboratoryjnego, zaangażowanej kadry młodych pracowników naukowych oraz potrzeb gospodarki kraju.
Badania prowadzone w Instytucie są silnie powiązane z naukami o Ziemi, takimi jak: oceanologia, hydrologia, gospodarka wodna i geologia. Plany badań naukowych Instytutu oraz jego schemat organizacyjny dostosowywano do programów badań podstawowych, biorąc również pod uwagę zainteresowania naukowe pracowników oraz badania wynikające z potrzeb gospodarki narodowej.
Początkowo siedzibą Instytutu był obecny budynek Wydziału Budownictwa Wodnego i Inżynierii Środowiska PG. W szerokim zakresie wykorzystywane do badań było laboratorium hydrauliczne. W związku z rosnącymi potrzebami lokalowymi PG Instytut przeniósł swoją siedzibę do budynku dawnego Pałacu Opatów, który został mu przydzielony na ograniczony okres czasu. Instytut użytkował również jedno piętro w budynku Instytutu Maszyn Przepływowych PAN we Wrzeszczu. To rozbicie Instytutu na wiele miejsc nie sprzyjało efektywnej pracy.
W 1969 r. powstało laboratorium hydrauliczne na otwartym powietrzu w Oliwie na terenie, który został przydzielony Instytutowi na dalszą rozbudowę. Laboratorium zostało stworzone głównie w celu wykonania hydraulicznych badań modelowych nowo projektowanego Portu Północnego w Gdańsku oraz proponowanej przebudowy Cieśniny Świny. Na tym terenie powstały również budynki zaplecza technicznego, do których stopniowo przenosiły się poszczególne komórki organizacyjne IBW. W latach 80. wszystkie zakłady i administracja przeniosły się do siedziby w Oliwie przy ul. Kościerskiej. Na tym terenie wybudowano w latach następnych nowy budynek laboratoryjno – biurowy oraz 70 m długości budynek, w którym zainstalowano nowoczesny kanał falowy wyposażony w bardzo dobre urządzenia oraz aparaturę pomiarową i rejestrującą.
IBW PAN miał znaczący udział badawczy w większości projektowanych dużych obiektów hydrotechnicznych w Polsce (Tresna, Włocławek, Solina, Koronowo i inne). Instytut wykonał też wiele hydraulicznych badań modelowych i pomiarów terenowych dla zagranicy (Irak, Libia, Senegal, Wietnam, Algeria, Kuba, Maroko, Syria, Jugosławia, Holandia, Nigeria).
Ważnymi wydarzeniami w rozwoju Instytutu było utworzenie Morskiego Laboratorium Brzegowego w Lubiatowie i Laboratorium w Porcie Północnym.
Przejście na gospodarkę wolnorynkową w 1989 r. w znacznym stopniu zmieniło politykę naukową państwa. Poważne ograniczenia finansowe na badania naukowe podstawowe i brak nowych inwestycji budownictwa wodnego wymusiły na dyrekcji Instytutu istotną redukcję zatrudnienia. Znacznej modyfikacji uległa również metodyka prowadzonych badań. Większy nacisk kładzie się obecnie na podejście interdyscyplinarne, aspekty środowiska naturalnego oraz dużo szersze zastosowanie technik komputerowych.
Obecnie działalność naukowa IBW PAN realizowana jest w 4 Zakładach:
IBW PAN należy do Wydziału IV Nauk Technicznych Polskiej Akademii Nauk i posiada prawo nadawania stopnia doktora nauk technicznych w dyscyplinie naukowej budownictwo. Instytut jest częściowo finansowany przez Komitet Badań Naukowych (KBN) i posiada kategorię pierwszą w jego rankingu.
Duża część prac badawczych pochodzi od instytucji krajowych oraz z różnych programów Unii Europejskiej.
Instytut współpracuje z wieloma instytucjami naukowymi i badawczymi w kraju oraz za granicą. Pracownicy Instytutu biorą czynny udział w wielu krajowych i zagranicznych konferencjach naukowych przedstawiając wyniki swoich badań. Publikujemy również wiele prac w krajowych i zagranicznych czasopismach o charakterze naukowym i inżynierskim.
Organem doradczym dyrektora Instytutu jest Rada Naukowa, która opiniuje plany i sprawozdania z działalności statutowej Instytutu oraz przeprowadza przewody doktorskie. Rada Naukowa jest powoływana na 4 – letnią kadencję i składa się z samodzielnych pracowników zatrudnionych w Instytucie na pełnym etacie, członków akademii, którzy zgłoszą swój akces do Rady Naukowej oraz wybitnych specjalistów naukowych i praktyków z instytucji w Polsce.
Trudno jest obecnie ocenić ilu pracowników liczył Instytut w momencie jego utworzenia, bowiem wielu pracowników było jednocześnie zatrudnionych na etacie IBW PAN oraz Politechniki Gdańskiej. W 1976 r. Instytut zatrudniał 213 pracowników w tym 58 pracowników naukowych (14 profesorów i docentów).
Obecnie Instytut zatrudnia 60 osób, w tym 30 pracowników naukowych. Wśród pracowników Instytutu 3 osoby posiadają tytuł profesora, 11 osób stopień doktora habilitowanego, a 12 stopień doktora.
Najważniejsze osiągnięcia naukowe i inżynierskie Instytutu to badania:
Aktualnie prowadzone są badania na zlecenie RZGW Gdańsk dotyczące ujścia Wisły oraz zabezpieczenia przeciwpowodziowego Żuław Gdańskich. Prace te są realizowane we współpracy z innymi jednostkami badawczymi i projektowymi.
Ważniejsze publikacje (wydawnictwa książkowe) to:
Instytut posiada bogato wyposażoną bibliotekę. Składa się na to 19 tys. vol. książek, 6 tys. vol. czasopism i 3,5 tys. vol. opracowań własnych.
Instytut od początku swej działalności nadał stopień naukowy doktora nauk technicznych 98 osobom, głównie pracownikom IBW PAN (w tym 9 osobom spoza Instytutu). 19 pracowników IBW uzyskało stopień naukowy doktora habilitowanego, 23 stanowisko docenta, 12 tytuł naukowy profesora, 4 tytuł członka korespondenta PAN, a następnie członka rzeczywistego. Wielu pracowników uzyskało nagrody Sekretarza Naukowego PAN, Przewodniczącego Wydziału IV i Wydziału VII oraz wyróżnienia i nagrody różnych ministerstw. Od 22 lat Instytut jest organizatorem Ogólnopolskiej Szkoły Hydrauliki wspólnie z Komitetem Gospodarki Wodnej PAN. Samodzielni pracownicy naukowi prowadzą zajęcia na wyższych uczelniach i są opiekunami prac dyplomowych.
W dniu 1 grudnia 2002 r. rozpoczęło w Instytucie działalność Centrum przewidziane na lata 2003 – 2005. Celem Centrum jest rozszerzenie współpracy z naukowej z krajami UE (European Research Area) oraz odtworzenie współpracy z krajami Europy Środkowej i Wschodniej
Instytut współpracuje z Komitetem Inżynierii Lądowej i Wodnej PAN, Komitetem Gospodarki Wodnej PAN oraz Komitetem Badań Morza.
Gdańsk, listopad 2009 r.